Неджи – представитель клана Хьюга, одного и самых сильных и известных в Селении Скрытого Листа, славящегося измененной ДНК (так называемым, «бьякуганом»).
Клан Хьюга испокон веков разделялся на две ветви, главную, которой и принадлежала вся власть в клане и побочную, чья задача - защищать представителей основной ветви. И Неджи, гений Неджи, человек, в котором собрались все достоинства и вся сила клана Хьюга, никогда не сможет стать его наследником, поскольку принадлежит к побочной ветви. Его лоб навсегда заклеймен Печатью Подчинения... И все это - просто потому, что отец Неджи, Хьюга Хизаши родился на несколько минут позже своего брата-близнеца, нынешнего главы клана Хьюги Хиаши.
Обучение Неджи в академии ниндзя проходило очень успешно. Юный Хьюга благодаря труду и уникальным способностям оказался лучшим учеником в выпуске. После окончания академии Неджи вошел в команду, состоящую из Тен Тен (девушки, замечательно владеющей разными видами оружия) и Рока Ли (ниндзя, обладающего способностями лишь к тайдзютсу). Учителем новобранцев был назначен джоунин Маито Гай. Отношения в команде складывались неплохие, не смотря на то, что Ли воспринимал Неджи как опасного соперника. Ребята действовали сообща и были готовы прийти на помощь друг к другу.
К сдаче экзамена на чунина команда Гая приступила лишь через год после выпуска, достаточно натренировавшись и улучшив свои боевые навыки. Первый и второй этап экзамена на чунина проходит успешно.
На отборочных испытаниях перед третьим раундом в битве Неджи и двоюродной сестрой Хинатой особенно ярко проявляется его убежденность в том, что все предопределено судьбой.
После битвы с Наруто и разговора с Хьюга Хиаши Неджи сильно меняется. Он начинает понимать истинный смысл своего существования. Становится гораздо терпимее. Конфликты с главной ветвью клана (в частности, с Хинатой) сходятся на нет.